或者把北海放在恭王府当天:
11/04 升旗 天安门 故宫 景山  王府井 
11/05 香山 颐和园 鸟巢，水立方夜景
11/06 八达岭长城 十三陵
11/07 北海 恭王府 什刹海(包含后海)--南锣鼓巷一带胡同 前门大街/大栅栏 
11/08（半天） 天坛 午饭后去机场

安排行程就是要考虑方方面面的问题,看来LZ做的攻略比较充分,行程大体还是可以的,根据你的要求再做一些微调:

第一天基本上凌晨1点左右才能到酒店,所以第二天不可能起太早,如果勉强,肯定会影响游兴.所以第一天应该安排轻松的景点.

LZ 住在东四环外,而香山在西北五环,如果早上到市中心去看升旗,再到香山,太费时费力了.

行程建议如下:
11/04 北海 恭王府 什刹海(即前海和后海)--南锣鼓巷一带胡同 
11/05 升旗 天安门 故宫 景山  王府井 
11/06 八达岭长城 十三陵 前门大街/大栅栏
11/07 香山 颐和园  圆明园
11/08（半天） 天坛 午饭后去机场

LZ住的地方比较偏远,离最近的地铁站10号线三元桥站有4公里左右,可以从将台路口西站乘坐967路,到三元桥站乘地铁.这个距离打车费用是13左右.
 
交通:
11/04 乘坐967路,到三元桥站换地铁10号线,到达金台夕照站,步行到达呼家楼西站乘坐846路到北海站
 北海南门进北门出, 对面什刹海体校旁边的胡同往里走,到头左拐200米即是恭王府.  
恭王府出来,可选择电瓶车/黄包车/租自行车游什刹海.  
银锭桥旁边烤肉季后面就是烟袋斜街,烟袋斜街东口出,对面乘坐107到宝钞胡同,往东2分钟就是南锣鼓巷.

11/05 乘坐967路,到三元桥站换地铁10号线,到达国贸,换乘1号线地铁到天安门东,步行到天安门广场看升旗.
   看完升旗仪式去前门吃早点.
   天安门城楼北边穿过端门就是故宫南门午门.
故宫北门对景山南门,景山东门乘坐111到灯市西口, 往西第一个红绿灯往南就是王府井大街

11/06  可选择北京旅游集散中心,前门发车返回前门,售票处在前门箭楼南侧.(现在王府井和北京南站也有分部)
 老人学生凭证125/人,成人160/人 票价包含：车费、餐费、门票、导游服务费
网址: http://www.bjlyjszx.com/

11/07  乘坐967路,到三元桥站换地铁10号线,到达海淀黄庄换地铁4号线,到颐和园北宫门,乘坐331/696/634到香山.
香山返回颐和园北宫门,颐和园北门进,东门出,乘坐826/690/801/696/331到圆明园南门,出东门乘坐656到亚运村,过马路就是鸟巢水立方

11/08  乘坐967路,到三元桥站换地铁10号线到劲松,出来乘坐41路/687路到法华寺,下车对面就是天坛东门.
   

谢谢您的建议，由于水立方周末才会变色，所以还是希望11/07周六去，还有头一天飞机比较晚，所以11/04的升旗改在11/05去，下面是我更改的行程，请帮忙指点，如果可行，请提供一下如何公交换乘。

11/04 天安门 故宫 景山 北海 王府井 
11/05 升旗 香山 颐和园 
11/06 八达岭长城 十三陵
11/07 恭王府 什刹海(包含后海)--南锣鼓巷一带胡同 前门大街/大栅栏 鸟巢，水立方夜景
11/08（半天） 天坛 午饭后去机场

11/05的行程不可能完成.建议舍去部分景点:

11/04 升旗 天安门 故宫 景山 北海 王府井 
11/05 香山 颐和园 鸟巢，水立方夜景
11/06 八达岭长城 十三陵
11/07 恭王府 什刹海(包含后海)--南锣鼓巷一带胡同 前门大街/大栅栏 
11/08（半天） 天坛 午饭后去机场

谢谢北京路痴8的详尽回答，我会按照您的建议调整我的行程.