D1:天安门，故宫（周一闭馆），景山，北海（看时间），大栅栏
D2:长城，中国科技馆（17点关门），鸟巢，水立方
D3:颐和园，北大，清华，估计你只能挑一个大学好好逛。
D4:北海，恭王府，什刹海，南锣鼓巷
D5: 天坛，自然博物馆（提前至少2天预约），雍和宫，国子监。这是2个半天方便安排
D6:国家博物馆
D7:动物园，天文馆，海洋馆
多给几天方便安排
酒店找地铁站旁边，例如大家经常选择前门，崇文门，东直门，雍和宫，鼓楼，南锣鼓巷等等

你列的这些地方总共是两天半的行程。
一般天安门、故宫、景山放在一天（出了故宫之后上景山看故宫全景）。注意故宫一般需要提前在网上买票，周一不开。
八达岭长城通常单独占用一天。
清华、北大半天即可，另外半天可以去旁边的颐和园或圆明园。注意如果想进入清华、北大的校园需要提前在网上预约。
鸟巢和水立方找晚上的时间去看看即可，不占用白天的时间。
鉴于你打算玩5天，另外再推荐两天的行程给你：
一天上午去天坛，中午在前门大街吃饭，下午去恭王府，逛什刹海胡同，在南锣鼓巷吃饭。注意恭王府周一不开放。
另一天可以考虑去世园会。
补充一句，世园会和八达岭长城都在延庆，这两个地方都去，中间一晚可以考虑住宿在延庆。

可以住在北四环附近 地铁前往 或者租车自驾 鼓楼钟楼景山故宫前门鸟巢水立方奥森都在北四环 清华北大颐和园圆明园也在北四环 自驾到十三陵八达岭即可 五天可以