据云居寺工作人员介绍，1956年4月21日是石经山正式发掘石经的日子。根据考古人员商量，首开洞窟选择在第3洞，由于这个洞门是各洞中破坏最严重的，上半部石门都已不存在。

在洞门开启后，拓印工作紧张开展。工作人员先从上层取出经版，抬到工棚内，洗刷干净，注明洞号，编号后拓印，每石拓印7份。各洞所藏经版大体可分为3种类型：大型经碑高2.50米，宽0.60米；中型经碑高1.60米，宽0.62米；小型经碑高0.46米，宽0.76米。

经版拓印完，工作人员仍将其放还原洞，最后以原洞石门锢封保存。看着轻松的拓印流程却耗费了巨大的人力，云居寺旁有3个村庄，考古人员从中雇佣工人，从1、2洞石经抬出拓印单程就需1.2万工，山上山下石经全部拓印完用了3年时间。