通州清真寺乃北京地区四大清真寺之一，郊区称首。其元代创建，历史之悠久，仅次于宣武区牛街者。明代正统，万历间予以重修。清康熙、乾隆帝游通州时曾经至此，再增修之。民国二十二年（1933）四月，一撮日军窜犯县城，隔运河炮轰通州城，炸毁此寺部分建筑，旋而修复。三十四年（1945），此寺曾办大学。寺前胡同曾因寺而名清真寺街，今名胡同。20世纪50年代，著名影片《野火春风斗古城》曾在此拍摄。1959年定为通州区文物保护单位，1966年后遭到 破坏，1996年升定为北京市文物保护单位。

寺东向，跨南北二院。轴线上主体建筑礼拜殿尚存，勾连搭四卷，明三暗五，形制恢宏，顶式多样，集中国左建殿宇之大成，为城郊罕有。一、二卷均三间，前为敞厅，卷棚顶，后乃过厅，硬山脊；三、四卷皆五间，前为调大脊，后为歇山脊；四卷明间后为望月楼，四角攒尖脊带琉璃宝瓶。殿内设井口天花，写意牡丹图案；四周梁枋满饰重彩博古图。数十根金柱 朱漆，皆围捏铁线缠枝牡丹，绚丽夺目，为独具特色。第二卷两山之侧，各建一座六角攒尖顶过门亭，各与第三卷稍间相通，此种设计亦属独到。主院北讲堂，水房尚存，碑记5块多嵌砌于壁。若胡同北口殿式木碑楼与主院内照壁、垂花门、室礼楼不在"文革"中破坏，则此寺可与牛街清真寺难分伯仲。