希望你的三天不包括周一，因为你想去的景点除了天坛之外周一全都不开放。以下姑且按你的三天当中没有周一设计。
第一天下了火车安顿好行李之后可以先去故宫博物院，然后景山、北海、什刹海胡同。
第二天早起看升旗（升旗时间大约是早上5点左右，需要4点左右到天安门广场排队安检），升旗之后一般景点都还没开门，可以先去天坛（天坛公园开放时间较早），然后是旁边的自然博物馆，后面可以逛前门大街。
第三天上午去毛主席纪念堂（注意毛主席纪念堂只有上午开放），然后去军事博物馆，返程。